Федор Бондарчук родился 9 мая 1967 г. в семье кинорежиссера и актера Сергея Бондарчука и актрисы Ирины Скобцевой. Федор учился в 31 московской спецшколе, был хулиганом и не радовал успехами ни учителей, ни родителей. После окончания школы Федор отслужил в армии - в кавалерийском полку Таманской дивизии. Во время службы он и познакомился со своей будущей женой Светланой.

По окончании службы Федор решил поступать в МГИМО. Но отец вмешался и буквально за руку отвел сына во ВГИК, предварительно сняв его в своем фильме "Борис Годунов" в роли царевича Димитрия.

Так Федор Бондарчук поступил на режиссерско-постановочный факультет, где учился в мастерской Озерова. Курс Бондарчука называли "звездным", кроме него там учились Иван Охлобыстин (ныне отец Иоанн), Александр Баширов, Сергей Козлов, Михаил Мукасей. На соседнем курсе училась Рената Литвинова. Бондарчук закончил ВГИК в 1991 году.

После окончания ВГИКа Бондарчук не пошел в "большую режиссуру", а стал заниматься совершенно новым тогда для нашей страны делом - снимать видеоклипы. Вместе со своим другом детства Степаном Михалковым он организовал одну из первых профессиональных студий в России по производству музыкальных видеоклипов и рекламных роликов "Art Pictures".

Kарьера Федора Бондарчука, как клипмейкера началась с клипа Натальи Ветлицкой "Посмотри в глаза". За десять лет он снял клипы практически всем известным российским группам и исполнителям: Б.Гребенщикову, А.Пугачевой, К.Орбакайте, В.Преснякову, Линде, А.Варум, А.Свиридовой, Н.Борзову, группам "Два Самолета", "Моральный Кодекс" и др. Федор Бондарчук не только снимал видеоклипы, но и многое сделал для того, чтобы к ним стали относиться серьезно, как к жанру. Именно его студия принимала непосредственное участие в организации фестиваля "Поколение", который существует до сих пор.

В 1993 году Федор Бондарчук дебютировал в качестве режиссера, сняв фильм "Люблю", который явился бенефисом Людмилы Гурченко.

До недавнего времени Федор Бондарчук гораздо чаще снимался в кино, чем снимал, так как полагал, что "тень отца" меньше довлеет над ним, когда он выступает в роли актера. Среди его актерских работ фильмы "Сталинград", "Бесы", "Кризис среднего возраста" Гарика Сукачева, "8,5 долларов", где Федор Бондарчук сыграл сразу 2 роли, "Даун-хаус" - экранизация романа Достоевского "Идиот", "В движении" Филиппа Янковского (этот фильм продюсировала компания Бондарчука), сериал "Мужская работа" и так далее.

В 2005 году вышел масштабный проект Бондарчука-режиссера - фильм об афганской войне "9 рота".